中華人民共和國交通運輸部公告 2008年第38號
根據《海峽兩岸海運協議》以及相關法律、行政法規、規章的規定，現將海峽兩岸海上客貨直接運輸的實施事項公告如下：
一、管理模式
兩岸間航運業務實行特殊管理，交通運輸部對經營兩岸間航運業務的航運公司和營運船舶實施行政許可。
二、航運公司
在兩岸注冊的兩岸資本且具有企業法人資格的航運公司，經許可后，方可從事兩岸間海上直接運輸業務。
三、營運船舶
從事兩岸間海上直接運輸業務，須使用兩岸資本并在兩岸登記的船舶。直航船舶在進出直航港口期間，應符合《海峽兩岸海運協議》關于船舶識別的約定。
四、直航港口
海峽兩岸直航港口名單見附件，今后將根據實際需要，適時增加直航港口。
五、申請程序
在大陸注冊的航運公司申請經營兩岸間航運業務，應當向交通運輸部報送申請文件，同時將申請文件抄報公司所在地的省、自治區、直轄市交通運輸主管部門。
其他航運公司應當委托其在大陸的船舶代理人，向交通運輸部報送申請文件。
六、申請文件
申請經營兩岸間航運業務的航運公司，應當提交下列文件：
（一） 申請書（須經公司法定代表人簽署）；
（二）營業執照復印件和公司旗標識彩色圖案；
（三）公司安全管理符合證明（DOC證書）復印件；
（四） 船舶資料（包括：船舶登記證書、檢驗證書、安全管理證書等復印件；使用期租或光租船舶的，應提交船舶租賃合同復印件；必要時，需提供兩岸資本證明材料）；
（五） 提單樣本；從事集裝箱班輪運輸的，應提交航線掛港、班期和運價本；從事旅客運輸（含郵輪運輸）的，還應提交客票樣本。
七、審核時限
交通運輸部自收到齊全、有效的申請文件之日起20日內，決定許可或者不許可，并書面通知申請人。
省、自治區、直轄市交通運輸主管部門應在收到抄報的申請文件后10日內提出意見報送交通運輸部。
八、許可證書
獲準許可的航運公司及其船舶，由交通運輸部分別核發新的《臺灣海峽兩岸間水路運輸許可證》和《臺灣海峽兩岸間船舶營運證》，并使用"臺灣海峽兩岸間水路運輸審批專用章"。
班輪航線掛港、營運船舶發生變更的，航運公司應提前10日申請換發《臺灣海峽兩岸間船舶營運證》。
原《臺灣海峽兩岸間水路運輸許可證》和《臺灣海峽兩岸間船舶營運證》自2009年1月1日起停止使用。
獲準許可的航運公司及其船舶名單將在交通運輸部網站公布。
九、特別事項
（一）運力投放按照平等參與、有序競爭、雙向直航、互惠互利的原則，結合兩岸貿易、人員往來需求和航運市場狀況，合理安排運力。
（二）兩岸資本并在香港特別行政區登記的船舶，經許可，可參與兩岸間海上直接運輸，在進出兩岸直航港口期間，其船舶識別方式應符合《海峽兩岸海運協議》附件第一項的規定。
（三）本公告發布前經許可已經從事兩岸試點直航運輸、兩岸三地集裝箱班輪運輸、砂石運輸的兩岸資本的方便旗船，航運公司應向交通運輸部申請特別許可并換發《臺灣海峽兩岸間水路運輸許可證》和《臺灣海峽兩岸間船舶營運證》后，方可從事兩岸間海上直接運輸。
（四）本公告發布前經許可已經取得兩岸間不定期船舶運輸經營資格的航運公司，符合直航條件的，應向交通運輸部申請并換發《臺灣海峽兩岸間水路運輸許可證》和《臺灣海峽兩岸間船舶營運證》后，方可從事兩岸間海上直接運輸；不符合直航條件的，經交通運輸部特別許可，可臨時從事兩岸間海上運輸，保持原有航行模式不變。
（五）未經特別許可，外國航運公司及外國籍船舶不得從事兩岸間航運業務。經個案特別許可，臨時經營兩岸間單航次貿易貨物運輸的外國航運公司及外國籍船舶，保持原有航行模式不變。
（六）福建沿海地區與金門、馬祖、澎湖間海上直航，仍依照《福建沿海地區與金門、馬祖、澎湖間海上直接通航運輸管理暫行規定》辦理。
（七）經營兩岸航運業務，不得有下列行為：以低于正常、合理水平提供運價服務，妨礙公平競爭；在會計賬簿之外暗中給予托運人回扣，承攬貨物；以歧視性價格或其他限制性條件給交易對方造成損害；其他損害交易對方或者損害航運市場秩序的行為。
十、監管措施
海事管理機構對從事經營兩岸間航運業務的船舶依法實施監管。對未經許可擅自從事經營兩岸間航運業務的船舶，海事管理機構不得為其辦理進出港口手續，對非法從事經營兩岸間航運業務的船舶依法處罰。交通運輸部將對違規從事經營兩岸間航運業務的航運公司及其船舶代理人依法予以查處。
十一、互設機構
兩岸航運公司可在對方設立辦事機構及經營性機構，開展相關業務。
臺灣航運公司申請在大陸設立經營性機構，按照《關于促進臺灣海峽兩岸海上直航政策措施及實施事項的公告》（交通部2007年第22號公告）規定辦理。
十二、互免稅收
兩岸航運公司參與兩岸船舶運輸在對方取得的運輸收入，相互免征營業稅及所得稅。
臺灣航運公司應依照大陸財政、稅務主管部門的相關規定，辦理大陸的免稅手續。
十三、聯系協商
兩岸海上直航實施中需要進一步細化的事項，由海峽兩岸航運交流協會和臺灣海峽兩岸航運協會聯系協商后，報請有關單位研究解決。
十四、生效日期
本公告自2008年12月15日起施行。
附件：海峽兩岸海上直航大陸港口（港區）名單
中華人民共和國交通運輸部（章）
二○○八年十二月十日
附 件
海峽兩岸海上直航大陸港口（港區）名單
（共計63個）
丹東、大連、營口、唐山、錦州、秦皇島、天津、黃驊、威海、煙臺、龍口、嵐山、日照、青島、連云港、大豐、上海、寧波、舟山、臺州、嘉興、溫州、福州、松下、寧德、泉州、肖厝、秀嶼、漳州、廈門、汕頭、潮州、惠州、蛇口、鹽田、赤灣、媽灣、虎門、廣州、珠海、茂名、湛江、北海、防城、欽州、海口、三亞、洋浦等48個海港，以及太倉、南通、張家港、江陰、揚州、常熟、常州、泰州、鎮江、南京、蕪湖、馬鞍山、九江、武漢、城陵磯等15個河港。
（注：臺灣方面直航港口為11個，包括：基隆（含臺北）、高雄（含安平）、臺中、花蓮、麥寮、布袋（先采專案方式辦理）等6個港口，以及金門料羅、水頭、馬祖福澳、白沙、澎湖馬公等5個"小三通"港口。）