中華人民共和國恢復對澳門行使主權后，澳門特別行政區與臺灣地區的關系，是兩岸關系的特殊組成部分。澳門的涉臺問題，凡屬涉及國家主權和兩岸關系的事務，由中央人民政府安排處理，或者由澳門特別行政區政府在中央人民政府的指導下處理。依據“一個中國”的原則和"一國兩制"方針，中央人民政府確定的處理"九九"后澳門涉臺問題的基本原則和政策是：
一、澳、臺兩地現有的各種民間交流交往關系，包括經濟文化交流、人員往來等，基本不變。
二、鼓勵、歡迎臺灣居民和臺灣各類資本到澳門從事投資、貿易和其他工商活動。臺灣居民和臺灣各類資本在澳門的正當權益依法受到保護。
三、根據"一個中國"的原則，澳門特別行政區與臺灣地區間的空中航線和海上運輸航線，按"地區特殊航線"管理。澳門特別行政區與臺灣地區間的海、空航運交通，依雙向互惠原則進行。
四、臺灣居民可根據澳門特別行政區法律進出澳門地區，或在當地就學、就業、定居。現行的入出境方式基本不變。為方便臺灣居民出入澳門，中央人民政府將就其所持證件等問題作出安排。
五、澳門特別行政區的教育、科學、技術、文化、新聞、出版、體育、康樂、專業、醫療衛生、勞工、婦女、青年、歸僑、社會福利、社會工作等方面的民間團體和宗教組織，在互不隸屬、互不干涉和互相尊重的原則基礎上，可與臺灣地區的有關民間團體和組織保持和發展關系。
六、澳門特別行政區與臺灣地區之間以各種名義進行的官方接觸往來、商談、簽署協議和設立機構，須報請中央人民政府批準，或經中央人民政府具體授權，由特別行政區行政長官批準。
七、臺灣現有在澳門的機構可以適當的名稱繼續留存， 這些機構和人員在行動上要嚴格遵守《中華人民共和國澳門特別行政區基本法》，不得違背"一個中國"的原則，不得從事損害澳門的安定繁榮以及與其注冊性質不符的活動。我們鼓勵、歡迎他們為祖國的統一和保持澳門的穩定發展作出貢獻。
這些原則和政策符合澳臺兩地同胞的共同利益，有利于保持澳門繁榮穩定，發展澳臺民間交往，促進兩岸關系。對于繼續保持和規范澳門、臺灣兩地的交流交往具有重要意義。