為實現海峽兩岸海上客貨直接運輸，促進經貿交流，便利人民往來，海峽兩岸關系協會與財團法人海峽交流基金會就兩岸海運直航事宜，經平等協商，達成協議如下：
一、經營資格
雙方同意兩岸資本并在兩岸登記的船舶，經許可得從事兩岸間客貨直接運輸。
二、直航港口
雙方同意依市場需求等因素，相互開放主要對外開放港口。
三、船舶識別
雙方同意兩岸登記船舶自進入對方港口至出港期間，船舶懸掛公司旗，船艉及主桅暫不掛旗。
四、港口服務
雙方同意在兩岸貨物、旅客通關入境等口岸管理方面提供便利。
五、運力安排
雙方按照平等參與、有序競爭原則，根據市場需求，合理安排運力。
六、稅收互免
雙方同意對航運公司參與兩岸船舶運輸在對方取得的運輸收入，相互免征營業稅及所得稅。
七、海難救助
雙方積極推動海上搜救、打撈機構的合作，建立搜救聯系合作機制，共同保障海上航行和人身、財產、環境安全。發生海難事故，雙方應及時通報，并按照就近、就便原則及時實施救助。
八、輔助事項
雙方在船舶通信導航、證照查驗、船舶檢驗、船員服務、航海保障、污染防治及海事糾紛調處等方面，依航運慣例、有關規范處理，并加強合作。
九、互設機構
雙方航運公司可在對方設立辦事機構及營業性機構，開展相關業務。
十、聯系主體
（一）本協議議定事項，由海峽兩岸航運交流協會與臺灣海峽兩岸航運協會聯系實施。必要時，經雙方同意得指定其他單位進行聯系。
（二）本協議其他相關事宜，由海峽兩岸關系協會與財團法人海峽交流基金會聯系。
十一、協議履行及變更
（一）雙方應遵守協議。協議附件與本協議具有同等效力。
（二）協議變更，應經雙方協商同意，并以書面方式確認。
十二、爭議解決
因適用本協議所生爭議，雙方應盡速協商解決。
十三、未盡事宜
本協議如有未盡事宜，雙方得以適當方式另行商定。
十四、簽署生效
本協議自雙方簽署之日起四十日內生效。
本協議于十一月四日簽署，一式四份，雙方各執兩份。
附件：海峽兩岸直航船舶、港口安排
海峽兩岸關系協會 財團法人海峽交流基金會
會長 陳云林 董事長 江丙坤
附件：海峽兩岸直航船舶、港口安排
依據本協議第一條、第二條，議定具體安排如下：
一、兩岸資本并在香港登記的船舶比照直航船舶從事兩岸間海上直接運輸，在進出兩岸港口期間，其船舶識別方式比照《港臺海運商談紀要》有關香港船舶的規定。
二、目前已經從事兩岸試點直航（境外航運中心）運輸、兩岸三地集裝箱（貨柜）班輪運輸、砂石運輸的兩岸資本權宜船，經特別許可，可按照本協議有關船舶識別等規定，從事兩岸間海上直接運輸。
三、雙方現階段相互開放下列港口：
大陸方面為六十三個港口，包括：丹東、大連、營口、唐山、錦州、秦皇島、天津、黃驊、威海、煙臺、龍口、嵐山、日照、青島、連云港、大豐、上海、寧波、舟山、臺州、嘉興、溫州、福州、松下、寧德、泉州、肖厝、秀嶼、漳州、廈門、汕頭、潮州、惠州、蛇口、鹽田、赤灣、媽灣、虎門、廣州、珠海、茂名、湛江、北海、防城、欽州、海口、三亞、洋浦等四十八個海港，以及太倉、南通、張家港、江陰、揚州、常熟、常州、泰州、鎮江、南京、蕪湖、馬鞍山、九江、武漢、城陵磯等十五個河港。
臺灣方面為十一個港口，包括：基隆（含臺北）、高雄（含安平）、臺中、花蓮、麥寮、布袋（先采專案方式辦理）等六個港口，以及金門料羅、水頭、馬祖福澳、白沙、澎湖馬公等五個“小三通”港口。
雙方同意視情增加開放港口。